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單核苷酸多態性（SNP）檢測
單核苷酸多態性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性，包括堿基的顛換、轉換、插入和缺失。它是人類可遺傳變異中最常見的一種，占所有已知多態性的90%以上。SNP作為第三代分子標記，被廣泛應用于分子遺傳學、法醫物證檢驗以及疾病診斷和治療等眾多領域。
1）測序法
Sanger測序是DNA序列分析的經典方法，可直接獲取核酸序列信息，是SNP檢測的“金標準”。而且，Sanger測序可發現未知的 SNP位點，確定SNP 的突變類型和突變位置，是一種無法替代的最直接、最準確的SNP檢測方法。
2）TaqMan探針法
TaqMan探針是一種雙標記、自淬滅的水解探針，其5’和3’末端分別標記熒光基團和淬滅基團，在探針結構完整時兩者距離較近，熒光基團的信號可被淬滅。而在PCR擴增過程中，若TaqMan探針與靶標序列完全匹配，探針則可結合在DNA模板上，此時Taq酶延伸至探針位置時，其外切酶活性將切割水解探針，釋放熒光基團，使得熒光信號增強。而且，隨著擴增產物的增多，熒光信號越來越強，從而可通過儀器實時監測熒光信號的變化過程。針對雙等位基因SNP，可分別設計兩種對應的探針，只有探針與模板完全匹配時，在擴增擴增過程中探針可被水解產生較強的熒光信號，而如果探針與靶序列之間存在錯配，其熒光強度將會減弱，由此可通過熒光強度檢測SNP位點。
3）ARMS-PCR法
擴增阻滯突變系統PCR（Amplification Refractory Mutation System PCR，ARMS-PCR），又稱為等位基因特異性PCR（Allele-Specific PCR，AS-PCR），是基于Taq DNA 聚合酶無法修復引物3’末端的單個堿基錯配，從而使得擴增受阻的檢測方法。在擴增過程中，只有當引物3’末端的堿基與SNP位點的等位基因互補配對時，才能正常延伸擴增；而當引物3’末端的堿基與SNP位點的等位基因不互補配對時，則不發生擴增反應，由此對擴增產物進行凝膠電泳或熒光PCR檢測，則可確定SNP基因型。
4）分子信標法
分子信標是一段雙標記的寡核苷酸探針，其5’末端和3’末端分別標記熒光基團和淬滅基團，且探針5’端和3’端的部分堿基可互補配對，從而形成莖環結構，使得熒光基團和淬滅基團相互靠近而熒光信號較低。分子信標的環狀結構部分包含SNP檢測位點，當模板與分子信標環狀結構的核酸序列完全匹配時，分子信標可與模板雜交形成伸展狀態，從而導致熒光基團和淬滅基團的空間距離拉大，熒光信號增強，因此可被儀器檢測，并確定SNP位點。
5）高分辨率熔解曲法
高分辨熔解曲線分析技術（high-resolution melting analysis，HRM）是通過特定染料與擴增后產物結合后形成特定的熔解峰進行分析檢測的方法，其使用的特料為飽和熒光染料，具有更強的DNA結合能力，且不影響PCR擴增，在DNA解鏈過程中也不會發生重排，使得熔解曲線具有更高的分辨率。核酸片段的固有特性，如DNA序列的長度、GC含量和堿基互補性差異等，均能影響高分辨率熔解曲線，而結合高精度熒光定量PCR儀，其分辨精度則可達到對單個堿基差異的區分，從而可用于確定SNP位點。
6）CAPS法
酶切擴增多態性序列（Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，CAPS），又稱限制性片段長度多態性聚合酶鏈反應（PCR-RFLP），是PCR技術與RFLP技術相結合的檢測方法。該方法基于DNA片段在酶切位點上的堿基變異，采用相應的限制性內切酶，對該DNA片段的PCR擴增產物進行酶切，從而產生不同的電泳圖譜，由此確定SNP位點的堿基類型。
