服務項目
甲基化檢測
DNA甲基化（DNA methylation）為DNA化學修飾的一種形式，能夠在不改變DNA序列的前提下，改變遺傳表現。所謂DNA甲基化是指在DNA甲基化轉移酶的作用下，在基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5號碳位共價鍵結合一個甲基基團。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因表達。
1）甲基化芯片（850K）
Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片（850K芯片），為研究者提供了一個可靠且經濟高效的甲基化分析平臺。并為 FFPE 樣本的檢測改進了 protocol，以獲得更可靠和穩定的結果。廣泛應用于干細胞研究、腫瘤和其他復雜疾病研究，是目前適合表觀基因組全關聯分析研究的全基因組 DNA 甲基化芯片。
850K芯片可檢測人全基因組約853,307個CpG 位點的甲基化狀態，其中包含了原450K芯片91%的位點，并增加了413,745個位點。850K芯片不但保持了對CpG島，基因啟動子區的全面覆蓋，還特別加強了增強子區（新增了333,265 個探針覆蓋來自ENCODE及FANTOM5計劃的增強子）以及基因編碼區的探針覆蓋。
2）MSP甲基化特異PCR
雙鏈DNA變性解鏈后，在亞硫酸氫鹽作用下發生C（胞嘧啶）轉化為U（尿嘧啶）轉化，C若已有甲基化則無此改變；甲基化修飾只發生于5’-3方向CG（鳥嘌呤）相聯結構的C上，因此在亞硫酸氫鹽作用后，DNA CpG島若無甲基化，則序列中的改變為C轉化為U，CG轉化為UG，若有甲基化則為C轉化為U，CG轉化為CG，用不同的引物做PCR，即可檢測出這種差異，從而確定基因有無CpG島甲基化。從理論上說，DNA發生甲基化的MSP產物的序列與原序列比較，C轉化為T（胸腺嘧啶），CG轉化為CG，相應其互補鏈的改變G轉化為A（腺嘌呤），CG轉化為CG。然后根據目的基因修飾前后的改變，相應設計M和U引物，進行PCR檢測。
3）亞硫酸氫鹽測序法（Bisulfite sequencing PCR, BSP）
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，則未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設計BSP引物進行PCR，在擴增過程中尿嘧啶全部轉化為胸腺嘧啶，最后對PCR產物進行測序就可以判斷CpG位點是否發生甲基化稱為BSP-直接測序方法。將PCR產物克隆至載體后進行測序，可以提高測序成功率，這種方法稱為BSP-克隆測序法。
4）高分辨率熔解曲線法（High Resolution Melting, HRM）
在非CpG島位置設計一對針對亞硫酸氫鹽修飾后的DNA雙鏈的引物，這對引物中間的片段包含感興趣的CpG島。若這些CpG島發生了甲基化，用亞硫酸氫鹽處理后，未甲基化的胞嘧啶經PCR擴增后轉變成胸腺嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變，樣品中的GC含量發生改變，從而導致熔解溫度的變化。
5）焦磷酸測序（Pyrosequencing）
焦磷酸測序（Pyrosequencing）可在一次檢測中快速定量一個或多個甲基化位點，是目前最理想的驗證方法。因此該技術在表觀遺傳學研究中逐漸成為數據分析的金標準。
焦磷酸測序技術是由4種酶（DNA 聚合酶（DNA polymerase）、ATP硫酸化酶（ATP sulfurytase）、熒光素酶（Luciferase）和三磷酸腺苷雙磷酸酶（Apyrase））催化的同一反應體系中的酶級聯化學發光反應。每一輪測序反應體系中只加入一種脫氧核苷酸三磷酸（dNTP）。如果該dNTP與模板配對，則會在DNA 聚合酶的作用下，添加到測序引物的3’末端，同時釋放出一個分子的焦磷酸（PPi）。摻入的dNTP和釋放的PPi是等量的。ATP硫酸化酶催化PPi與5’-磷酰硫酸（APS）結合形成ATP，然后在熒光素酶的催化作用下，生成的ATP和熒光素結合形成氧化熒光素，同時產生可見光。CCD感應器檢測到光信號后，Pyrogram轉化為檢測峰，每個峰的高度（光信號）與摻入的核苷酸數目呈正比。Apyrase不斷降解未摻入的核苷酸和ATP，淬滅光信號，再生反應體系，以此得到整個結果。
